Si quieres quitar las exenciones de tus ULR´s simplemente tienes que agregar en tu archivo .conf las siguientes instrucciones:
$ nano /etc/nginx/conf.d/domain.tld.conf
location / {
try_files $uri $uri.html $uri/ @extensionless-php;
index index.html index.htm index.php;
}
location ~ \.php$ {
try_files $uri =404;
}
location @extensionless-php {
rewrite ^(.*)$ $1.php last;
}