Si quieres quitar las exenciones de tus ULR´s simplemente tienes que agregar en tu archivo .conf las siguientes instrucciones:

$ nano /etc/nginx/conf.d/domain.tld.conf 
location / {
    try_files $uri $uri.html $uri/ @extensionless-php;
    index index.html index.htm index.php;
}

location ~ \.php$ {
    try_files $uri =404;
}

location @extensionless-php {
    rewrite ^(.*)$ $1.php last;
}

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